Etwa 300 vollständige Genome von Bakterien aus den Datenbanken des National Center for Biotechnology Information NCBI werden mit der Quadrupelmethode und verschiedenen Auswertungsverfahren untersucht. Dafür wurden unterschiedliche Arten der bekanntesten pathogenen und anderen Bakterien mehr oder weniger willkürlich ausgewählt. Die Genome werden nach einer Einführung in medizinisch anwendungsbezogener beziehungsweise taxonomischer Reihenfolge nach NCBI untersucht.
About 300 complete genomes of bacteria from the data banks of the National Center for Biotechnology Information NCBI are investigated by the Quadruple Method and different analyse procedures. For this purpose, different species from the best known pathogenic and other bacteria were chosen more or less arbitrarily. The genomes are tested after an introduction in medically application-related respectively taxonomic sequence after NCBI.
Aktualisiert: 2020-09-24
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Etwa 350 vollständige Genome von Viren aus den Datenbanken des National Center for Biotechnology Information NCBI, allen voran das Wuhan seafood market pneumonia virus isolate Wuhan-Hu-1 (SARS-CoV-2) und dessen vermutete „Verwandte“, zum Beispiel bei Katzen und Fledertieren, werden mit der Quadrupelmethode und verschiedenen Auswertungsverfahren untersucht. Dafür wurden unterschiedliche Formen der bekanntesten Viren mehr oder weniger willkürlich ausgewählt.
Die Genome folgender Viren werden nach einer Einführung in jeweils einem Kapitel behandelt:
Coronaviridae; Picornaviridae; Orthomyxoviridae; Parvoviridae und Papillomaviridae; Adenoviridae; Herpesviridae; Poxviridae; Hepadnaviridae, Flaviviridae und Picornaviridae; Caliciviridae; Reoviridae; Togaviridae; Flaviviridae; „Myxoviren“; Rhabdoviridae; Bunyavirales; Retroviridae; u. a..
Aktualisiert: 2020-10-15
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In dem Text werden vollständige mitochondriale Genome ausgewählter Gastropoda, Echinodermata und Primates aus den Datenbanken des National Center for Biotechnology Information NCBI nach der Quadrupelmethode und verschiedenen Auswertungsverfahren untersucht sowie miteinander verglichen. Während in den vorhergehenden Bänden die Taxonomie im Vordergrund steht, werden hier phylogenetische Zusammenhänge ermittelt. Dafür werden jeweils 16 Arten ausgewählter Taxa nach mehr oder weniger willkürlichen Gruppierungen in Spalten nebeneinander gestellt, in denen die Folgen der Vergleichsarten nach steigenden Größen der Summen der Quadrupelabweichungen geordnet stehen. Die Spalten sind damit individuelle Stammbäume jeweils einer Art, eine beispielsweise lineare Abhängigkeit der Quadrupelabweichungen von den einzelnen Evolutionszeiten vorausgesetzt.
In this text, complete mitochondrial genomes of chosen Gastropoda, Echinodermata, and Primates from the data banks of the National Center for Biotechnology Information NCBI are investigated and compared by the Quadruple Method and different analyze procedures. While in the preceding volumes the taxonomy is the main topic, here phylogenetic connections are checked. For this purpose, 16 species of chosen taxa are composed in more or less arbitrary groupings in columns side by side, in which the sequences of the compared species ordered with rising sums of the quadruples’ deviations are standing. The columns are by this individual family trees of each species, for example a linear dependence of the quadruples’ deviations from the evolution times provided.
Aktualisiert: 2020-07-01
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In dem Text werden vollständige mitochondriale Genome von etwa 90 ausgewählten Strepsirrhini (Primates), die Haplorrhini (Primates) im Vergleich mit den Strepsirrhini, circa 80 mitochondriale Genome der Echinodermata sowie rund 240 mitochondriale Genome der Gastropoda aus den Datenbanken des National Center for Biotechnology Information NCBI mit der Quadrupelmethode und verschiedenen Auswertungsverfahren untersucht sowie verglichen. Dafür wurden die Genome unterschiedlicher Arten mehr oder weniger willkürlich ausgewählt.
Weitere Themen sind die Wahrscheinlichkeit der Aussagen von Biomarkern, die Gene S100P (Chromosom 4) und ERBB2 (Chromosom 17, 5) der Hominiden sowie die Beziehungen von Häufigkeitsabweichungen der Quadrupel und dem geologischen Alter.
Aktualisiert: 2020-01-27
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In diesem Text werden vollständige mitochondriale Genome ausgewählter Vertebrata, darunter ca. 120 der Haplorrhini (Primates), und chromosomiale Gene der Vertebrata aus den Datenbanken des National Center for Biotechnology Information NCBI mit der Quadrupelmethode und verschiedenen Auswertungsverfahren untersucht sowie verglichen. In den Kapiteln 1 bis 5 werden die mitochondrialen Genome ausgewählter verwandter Taxa mit denen der Amphibia, Aves beziehungswiese Monotremata und Marsupialia verglichen. Kapitel 6 befasst sich mit der mitochondrialen Einordnung des Denisova-Menschen innerhalb der Hominidae. In den Kapiteln 7 und 8 stehen die mitochondrialen Ähnlichkeiten der Haplorrhini (Primates) im Mittelpunkt. Es folgen in den Kapiteln 9 und 10 Vergleiche der chromosomialen Gene CCR5, GGCX, LCT, TTN, PAX8 und TBR 1 der Hominidae.
Aktualisiert: 2020-01-06
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Etwa 150 vollständige mitochondriale Genome aus den Datenbanken des National Center for Biotechnology Information NCBI und des European Molecular Biology Laboratory EMBL - European Bioinformatics Institute EBI werden mit der Quadrupelmethode und verschiedenen Auswertungsverfahren untersucht. Dafür wurden unterschiedliche Arten aus den bekanntesten Taxa des Pflanzenreichs sowie ergänzend einige Pilze und Bakterien/Archaeen mehr oder weniger willkürlich ausgewählt.
Das Ziel dieser und ähnlicher Untersuchungen ist eine sinnvolle Taxonomie sowie "richtige" Phylogenese und letztendlich das "Verstehen" der Evolution.
Die Ergebnisse werden weitestgehend in leicht verständlichen Tabellen dargestellt.
Aktualisiert: 2021-12-20
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Etwa 400 vollständige mitochondriale Genome aus den Datenbanken des National Center for Biotechnology Information NCBI werden mit der Quadrupelmethode und verschiedenen Auswertungsverfahren untersucht. Dafür wurden unterschiedliche Arten aus den bekanntesten Taxa des Tierreichs mehr oder weniger willkürlich ausgewählt.
Das Ziel dieser und ähnlicher Untersuchungen ist eine sinnvolle Taxonomie sowie "richtige" Phylogenese und letztendlich das "Verstehen" der Evolution.
Die Ergebnisse werden weitestgehend in leicht verständlichen Tabellen dargestellt.
Aktualisiert: 2020-12-08
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Dieses Buch ist der letzte Band der "Bivalvia - Bivalves - Muscheln" der Autoren, welcher sich mit den Grundlagen der n-Tupelmethode befasst. Das Hauptthema ist die Untersuchung der mitochondrialen Genome der Bivalvia nach dem Tripel- und Quadrupelverfahren mit zusätzlicher Berechnung der Minima der n-Tupelhäufigkeiten von ausgewählten Gruppierungen der untersuchten Arten. Wesentliche Teile der allgemeinen Kapitel 43 bis 45 wurden bereits in dem Band "Uwe Kraeft, Genomische Abbildungen - Grundlagen der n-Tupelmethode, (2017), Shaker Verlag, Aachen" als Beispiele für die mathematischen Zusammenhänge veröffentlicht.
In diesem Band werden die modifizierten vollständigen mitochondrialen Genome der Hominiden, gewichtete Quadrupel der mitochondrialen Genome der Hominiden, die mitochondrialen Gene der Bivalvia, gegenseitige Abhängigkeiten der Abweichungssummen der Tripelhäufigkeiten aus Basen oder Basenpaaren der Bivalvia, die Summen der Häufigkeitsminima der Basen- beziehungsweise Basenpaartripel der Pteriomorphia, Veneroida und der Unionoida sowie ein Versuch der Interpretation aller bisheriger Ergebnisse der Bivalvia nach der n-Tupelmethode dargestellt; in einem Anhang sind einige der verwendeten Programme sowie Programmergänzungen und zur weiteren Prüfung der verwendeten Verfahren kurz gefasste paläontologisch relevante Untersuchungen von ausgewählten Hominiden, anderen Chordaten, Bakterien sowie Viren nach dem Quadrupelverfahren mit verschiedenen Auswertungen zu finden. Es folgen einige Hinweise und Anmerkungen.
Aktualisiert: 2020-12-08
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Ausgangspunkt des vorliegenden Textes war unter anderem die Beschäftigung mit der Bioinformatik und den Sequenzen des mitochondrialen Genoms in den Bänden 2 bis 4 der "Bivalvia-Bivalves-Muscheln" von Uwe Kraeft & Michael Kraeft, aus denen Teile entnommen wurden und in denen zahlreiche Anwendungsbeispiele zu finden sind. Organismen sind bekanntlich Abbildungen des Genoms. In vergleichbarer Weise sind die hier gebildeten Tripel- oder Quadrupelhäufigkeiten ein Bild des Genoms und damit vergleichbar mit den Organismen. Dabei ist zumindest anzunehmen, dass identische oder ähnliche Sequenzen gleiche oder vergleichbare n-Tupelhäufigkeiten zeigen.
Hier werden in 6 Kapiteln die Abbildungen von diskreten Elementen, die Rekonstruktion als Abbildung, die Abbildung von alphanumerischen Sequenzen durch sich überlappende n-Tupel, intermittierendes Scannen und Zusammenfügung von sich überlappenden n-Tupeln, die mitochondrialen Gene der Hominiden sowie der Bivalvia in elementarer Weise dargestellt. Eine Literaturauswahl und nahezu alle Programme sind beigefügt. In einem Anhang werden die Spiralen kurz behandelt.
Aktualisiert: 2020-12-08
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