Identifikation und genetische Kartierung neuer Resistenzen gegen Plasmopara viticola aus asiatischen und amerikanischen Wildarten

Identifikation und genetische Kartierung neuer Resistenzen gegen Plasmopara viticola aus asiatischen und amerikanischen Wildarten von Höschele,  Tim
Due to adventive grapevine pathogens like Plasmopara viticola, variable problems in European viticulture such as yield loss and the high usage of plant protection still occur. For that reason many breeders invest hope in cultivating fungi-resistant varieties using American and Asian wild species as resistance donor in new crosses. Several resistance loci against P. viticola were identified from different working groups so far. By facing the possibility of P. viticola strains to overcome resistances, quantitative trait loci (QTL) analysis was used in this work to screen for new resistance loci in two cross populations. Hereby a major QTL (Rpv10.2) as well as several minor QTLs were detected. The calculation of the QTLs was based on phenotypic data obtained from infections tests and the creation of linkage maps of the cross populations ‘Tigvoasa’ x We 90-06-12 (TVxWe90) und ‘Cabernet Franc’ x ‘Triomphe d‘Alsace’ (CFxTA). Simple sequence repeat (SSR) and RNase H2-dependent amplicon sequencing (rhAmpSeq) markers were used to create the linkage maps. Rpv10.2 was identified as resistance locus by a major QTL on linkage group 09 in the genome of We90. The locus was introgressed by the resistant cultivar We 90-06-12, which derives from the Asian wild grape Vitis amurensis. The area of Rpv10.2 was restricted by the SSR-markers GF09-65 and GF09-47 to approximately 80 kb on the V. vinifera reference genome. This area matches the already identified Rpv10 locus from ‘Solaris’, which also derived from V. amurensis (Schwander et al. 2012). Based on microscopic observation of infected leaf samples, We 90-06-12 and ‘Solaris’ showed similar reaction of resistance to inhibit the growth of P. viticola hyphae. The putative candidate gene RPS5-like is suspected to stay in connections with the Rpv10-mediated resistance ‘Solaris’ (Zyprian et al., in preparation). Due to sequence analysis, the corresponding gene could be verified in We 90-06-12 without any differences. In comparison, a further candidate gene AP2-ERF-like showed a variation in the coding sequence. The variation was observed outside the functional area of the AP2 protein domain. In addition marker analysis repeatedly showed deviating data for We 90-06-12 regarding GF09-46 and GF09-48, which are markers used in breeding since many years to identify new cultivars carrying the Rpv10 locus. The results of this work give evidence for an Rpv10 haplotype defined as Rpv10.2, which can be used for breeding. Rpv10.2 can be distinguished from the Rpv10 locus by the markers GF09-68, GF09-46 and GF09-48. The findings of this work can be used for further characterization of the Rpv10.2 locus in the future. In case of population CFxTA multiple weak QTLs were detected. Those QTLs could only be reproduced for linkage group 12 and 17. The areas of the QTLs on those groups cover long distances on the V. vinifera reference genome. It is necessary to obtain additional marker data to point out if these QTLs are suitable for breeding. It should be mentioned that until now no resistance loci were detected on linkage group 17. In comparison, Rpv6 was detected on linkage group 12 (Marguerit et al. 2009). ‘Riparia Gloire de Montpellier’, a selection of the American wild grape Vitis riparia, was recognized as the origin of this locus. The variety ‘Triomphe d’Alsace’, which represents the resistance donor in case of the cross CFxTA, originates from ‘Riparia Gloire de Montpellier’. If the detected QTL on linkage group 12 is identical to the Rpv6 locus should be verified by further investigations. This work indicates that the resistance level decreases from ‘Riparia Gloire de Montpellier’ to ‘Triomphe d’Alsace’. The hypersensitive response (HR) shown by the cultivar ‘Triomphe d’Alsace’ is weaker compared to ‘Riparia Gloire de Montpellier’ and matches with the identification of multiple weak QTLs in the population CFxTA.
Aktualisiert: 2022-01-27
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Zytologische und molekulare Studien zum Resistenzlocus Rpv12 gegen den Falschen Mehltau der Rebe (Plasmopara viticola)

Zytologische und molekulare Studien zum Resistenzlocus Rpv12 gegen den Falschen Mehltau der Rebe (Plasmopara viticola) von Müllner,  Sophia
Plasmopara viticola, das Phytopathogen welches den Falschen Mehltau der Rebe verursacht, kann zu erheblichen Ernteverlusten im Weinbau führen, weshalb zur Vorbeugung eines Befalls große Mengen von Spritzmitteln ausgebracht werden müssen. Um diese Umwelt- und Finanzbelastung zu reduzieren, ist die Identifikation von Resistenz-vermittelnden genomischen Sequenzen essenziell, um die gezielte Züchtung widerstandsfähiger Rebsorten zu verbessern. Bis heute konnten über zwanzig solcher Resistenzloci allein für P. viticola identifiziert werden, ihre detaillierte Funktion und das assoziierte Resistenz-vermittelnde Gen wurden bis heute aber nur selten aufgeklärt. Im Rahmen der durchgeführten Arbeiten konnte die mikroskopische Darstellung der Infektion von P. viticola in Rpv12-tragenden Genotypen detailliert dokumentiert werden. Hierfür wurden die Genotypen `Afus Ali´ und `Italia´ als anfällige Referenzsorten verwendet, `Kunbarat´ (Rpv12, Rcg1) und `Kunleany´ (Rpv12) als ursprüngliche Rückkreuzungen der Rpv12-tragenden Vitis amurensis, wurden im Vergleich zu Genotypen die im Rpv12-Locus homozygot sind, analysiert. Ergänzend wurden die Genotypen 65-153-18 (Rpv12, Rcg1), 2004-043-0021 (Rpv1/Run1, Rpv3.1, Ren3, Ren9) und 2014-099-0003 (Rpv12, Rcg1, Ren3, Ren9) mitgeführt. Die Verwandtschaft der Genotypen wurde mittels SSR-Marker-Analyse überprüft. Dabei zeigte sich, dass `Kunbarat´, der bisher als Kreuzungsprodukt aus `Italia´ und 28/19 geführt wurde, eigentlich ein Kreuzungsprodukt aus `Afus Ali´ und 28/19 ist und somit Vollgeschwister mit `Kunleany´ ist. Auch konnte eine Fehlannahme in der Nachkommenschaft von `Kunbarat´ geklärt werden. `Petra´ ist Nachkomme von `Savagnin blanc´ und nicht `Pinot Noir´. Mittels unterschiedlicher Färbemethoden für die Mikroskopie konnte nachgewiesen werden, dass es sich bei der Rpv12-vermittelnden Resistenz um eine Post-Penetrations-Resistenz handelt. Diese basiert vor allem auf einer schnellen hypersensitiven Reaktion unter Freisetzung von H2O2. Dies zeigt sich durch eine übermäßige Ausprägung von Haustorien von P. viticola in resistenten Genotypen aber auch durch eine nahezu vollständige Inhibierung des Myzelwachstums bei Genotypen, die im Rpv12-Locus homozygot sind. Eine Kallose- oder anderweitige Zellwandverstärkung auf mikroskopischer Ebene konnte nicht dokumentiert werden. Es konnte jedoch eine Verstärkung der Resistenz durch Homozygotie im Rpv12-Locus beobachtet werden. Auch ließ sich ein additiver Effekt bei den homozygoten Genotypen Hozy01 (Rpv12 homozygot), Hozy10 (Rpv3.1 und Rpv12 homozygot) nachweisen. Durch eine Kooperation mit dem Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation konnten verschiedene CAPS-Marker auf über zweihundert Rpv12-tragenden Genotypen getestet werden, wovon einer als potenziell Resistenz-assoziiert bewertet werden kann. Im Rahmen einer weiteren Kooperation mit dem Centrum für Biotechnologie (CeBiTec) der Universität Bielefeld und dem Max-Planck-Institut für Pflanzenzüchtungsforschung, Genomzentrum Köln der Max-Planck-Gesellschaft, wurde unter Nutzung von Trio Binning ein nach Haplotypen differenziertes de novo-Assembly des Genotyps 2014-099-0003 (Rpv12, Rcg1, Ren3, Ren9) durchgeführt. Dadurch konnte der Rpv12-Locus, der durch Venuti et al. (2013) identifiziert wurde, zwischen den SSR-Markern UDV-350 und UDV-370 um etwa 366 kb reduziert werden. Die Anzahl potenzieller Resistenzgene auf Basis von NLR-Motiven wurde dadurch von zwölf (PN40024) auf vier reduziert. Durch RNA-Seq eines nicht-inokulierten Blattes gelang es auf zwei der vier Kandidatengene je zwei Transkripte mit getrennter Teilfunktion der NLRs zu identifizieren, was zur Hypothese des differenziellen Splicings führte. Auf Grundlage der nun zur Verfügung stehenden Sequenzen wurden neue SSR-Marker zur Identifikation des Rpv12-Locus entwickelt. Einen zusätzlichen Aspekt dieser Arbeit stellte die Entdeckung eines neuen möglichen Resistenzlocus-Trägers dar. Eine Kreuzung aus V. riparia und V. rupestris zeigte sich äußerst widerstandsfähig gegenüber P. viticola. Erste mikroskopische und molekularbiologische Studien zum Ausschluss möglicher bekannter Resistenzloci wurden durchgeführt und im Abgleich mit den entsprechenden Locus-assoziierten Referenzsorten keine Übereinstimmungen gefunden.
Aktualisiert: 2022-01-27
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