Grundlagen der Datenanalyse mit R

Grundlagen der Datenanalyse mit R von Wollschläger,  Daniel
Für die fünfte Auflage wurde das Buch vollständig aktualisiert: Es bezieht sich nun auf die Version 4.0.0 von R, auch die Auswahl und Darstellung verwendeter Zusatzpakete wurde der dynamischen Entwicklung angepasst. Außerdem wurde insbesondere der Abschnitt zur Datenaufbereitung überarbeitet: Zur stärkeren Ausrichtung auf Data-Science-Anwendungen stellt er nun ausführlich das Paket vor, enthält eine erweiterte Darstellung von R-Markdown-Dokumenten und bespricht Hinweise zur Reproduzierbarkeit von Auswertungen.
Aktualisiert: 2023-04-03
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Grundlagen der Datenanalyse mit R

Grundlagen der Datenanalyse mit R von Wollschläger,  Daniel
Für die fünfte Auflage wurde das Buch vollständig aktualisiert: Es bezieht sich nun auf die Version 4.0.0 von R, auch die Auswahl und Darstellung verwendeter Zusatzpakete wurde der dynamischen Entwicklung angepasst. Außerdem wurde insbesondere der Abschnitt zur Datenaufbereitung überarbeitet: Zur stärkeren Ausrichtung auf Data-Science-Anwendungen stellt er nun ausführlich das Paket vor, enthält eine erweiterte Darstellung von R-Markdown-Dokumenten und bespricht Hinweise zur Reproduzierbarkeit von Auswertungen.
Aktualisiert: 2023-04-01
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Optimistische Verzerrung in der Chemieinformatik

Optimistische Verzerrung in der Chemieinformatik von Klingspohn,  Waldemar
Die zunehmende Methodenvielfalt stellt Chemieinformatiker immer mehr vor die Herausforderung, die optimale Methode für ein bestimmtes Vorhersagemodell zu wählen. Die neu vorgestellten Methoden zeigen sich hinsichtlich ihrer Vorhersageleistung gegenüber literaturbekannten Standard-Methoden vielfach überlegen oder kompetitiv. Nach der Implementierung dieser neuen Methoden schneiden diese allerdings vielfach schlechter ab als erwartet. Die scheinbare Überlegenheit kann die Folge einer sog. optimistischen Verzerrung bzw. eines Überoptimismus sein. Darunter ist eine fehlinterpretierte Überlegenheit einer Methode oder generell die systematische Verzerrung von Studienergebnissen zu verstehen. Das Ziel dieser Arbeit ist es, den Effekt des Überoptimismus anhand inadäquater externer Validierung und anhand von Beispielen ausgewählter neuer Klassifikationsmethoden aus der Literatur zu untersuchen. Anhand dieser Beispiele wird deutlich, wie einfach Überoptimismus in Studienergebnisse einfließen kann und dass einfache Änderungen des Studiendesigns optimistische Verzerrungen reduzieren können.
Aktualisiert: 2021-04-16
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Grundlagen der Datenanalyse mit R

Grundlagen der Datenanalyse mit R von Wollschläger,  Daniel
In die vierte Auflage sind sowohl die Neuerungen von R 3.3.2 als auch jüngere Entwicklungen bei den Zusatzpaketen eingeflossen. Gleichzeitig wurde der Text überarbeitet und um ein eigenes Kapitel zu Diagrammen mit ggplot2 erweitert. Der Text behandelt nun auch allgemeine numerische Methoden wie Nullstellensuche, numerische Integration und Ableitung sowie numerische Optimierung.
Aktualisiert: 2023-04-01
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Das Problem der Kurvenanpassung

Das Problem der Kurvenanpassung von Paulßen,  Jens
Gibt es ein verlässliches Entscheidungskriterium für die Wahl des Kurventyps bei einer Kurvenanpassung? Lässt sich Ockhams Rasiermesser vermittels dieses Kriteriums rechtfertigen? Existiert für dieses Kriterium eine wissenschaftstheoretische Rechtfertigung? Diese Fragen bilden das Zentrum des Problems der Kurvenanpassung. In dieser Arbeit werden die Lösungsansätze von Turney sowie Forster und Sober analysiert. Dabei werden gewisse Schwächen der Konzepte herausgearbeitet. Der Kern der Arbeit besteht aus der Entwicklung eines alternativen Lösungskonzepts, dessen Verlässlichkeit durch die bereits zuvor zur Analyse der bekannten Konzepte durchgeführten Computersimulationen aufgezeigt wird und das sich darüber hinaus wissenschaftstheoretisch rechtfertigen lässt. Forsters und Sobers Konzept basiert auf dem Akaike Information Criterion (AIC). Das hier entwickelte Konzept basiert hingegen auf dem Bayes Information Criterion (BIC). In dieser Arbeit werden abschließend erneute Computersimulationen durchgeführt, mithilfe derer die Qualität der bislang verwendeten Kriterien (AIC, BIC und Kreuzvalidierung) für den Fall kleiner Datenmengen analysiert werden.
Aktualisiert: 2020-09-01
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Grundlagen der Datenanalyse mit R

Grundlagen der Datenanalyse mit R von Wollschläger,  Daniel
In die vierte Auflage sind sowohl die Neuerungen von R 3.3.2 als auch jüngere Entwicklungen bei den Zusatzpaketen eingeflossen. Gleichzeitig wurde der Text überarbeitet und um ein eigenes Kapitel zu Diagrammen mit ggplot2 erweitert. Der Text behandelt nun auch allgemeine numerische Methoden wie Nullstellensuche, numerische Integration und Ableitung sowie numerische Optimierung.
Aktualisiert: 2020-11-03
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Untersuchung von chemometrischen Methoden zur Erstellung und Validierung von QSAR-Modellen

Untersuchung von chemometrischen Methoden zur Erstellung und Validierung von QSAR-Modellen von Baumann,  Desiree Ingrid
In der vorliegenden Arbeit wurden mathematische Methoden zur Erstellung und Validierung von QSAR-Modellen untersucht. Hierbei wurde die Methode der Doppelten Kreuzvalidierung (die zur simultanen Modellselektion und Modellbewertung eingesetzt wird) systematisch untersucht, da die Validität dieser Methode häufig in der Literatur angezweifelt wird. Mithilfe umfangreicher Simulationsstudien und realer Datensätze konnte gezeigt werden, dass die DCV selbst unter Modellunsicherheit das Potential hat, den Vorhersagefehler der Modelle ohne einen statistisch nachweisbaren systematischen Fehler zu schätzen. Hiermit wurde belegt, dass die DCV tatsächlich eine valide Methode ist. Ferner gelang es, den Einfluss der Modellselektion auf die quantitative Zusammensetzung des Vorhersagefehlers in der Simulationsstudie zu beschreiben. Da die DCV sowohl ohne als auch mit Ensemble-Bildung angewendet werden kann, wurde der Einfluss der Ensemble-Bildung auf den Vorhersagefehler und die Leistungsfähigkeit der DCV systematisch untersucht und mithilfe von Simulationsdaten und realen Daten gezeigt. Da das Potential der DCV von frei wählbaren Parametern wie z.B. der Testdatensatzgröße abhängt, wurde im Rahmen der Arbeit der Einfluss der Parameterauswahl auf die Leistungsfähigkeit der DCV analysiert. Letztlich konnte ein umfassendes Regelwerk entwickelt werden, das dem Anwender ermöglicht, die Parameter der DCV derart auszuwählen, dass eine hohe Modellqualität resultiert und zugleich eine zuverlässige Modellbewertung möglich ist. Ferner wurde das Potential der modernen Variablenselektionsmethoden (wie z.B. CAR-scores) und der klassischen Variablenselektionsverfahren (die kombinatorisch nach der besten Variablensubmenge suchen) untersucht. Es konnte gezeigt werden, dass mit modernen Variablenselektionsmethoden in der Regel vergleichbare oder bessere Ergebnisse als mit Methoden der klassischen Variablenselektion erzielt werden. Ferner wurde in der vorliegenden Arbeit der R2test, der als relatives Gütekriterium zur Modellbewertung bei QSAR-Modellen eingesetzt wird, untersucht, da seine komplexen Eigenschaften bisher noch weitestgehend unverstanden sind. Im Rahmen dieser Arbeit gelang es erstmalig, den systematischen Fehler des R2test in Abhängigkeit von der Testdatensatzgröße zu erklären, indem die zugrundeliegende Verteilungsdichte und der Erwartungswert des R2test unter einigen Annahmen hergeleitet wurden. Um den systematischen Fehler zu korrigieren, wurde im Rahmen der Arbeit ein neuer Ansatz entwickelt, der häufig den bekannten Schätzverfahren (die auf etablierten Gütekriterien basieren) deutlich überlegen ist, da er selbst für sehr kleine Testdatensätze realistische Schätzungen der Vorhersagekraft liefert. Die Vorteile des neu entwickelten Ansatzes wurden mit einem mathematischen Beweis dargelegt und konnten sowohl anhand umfangreicher Simulationsstudien als auch anhand realer Daten belegt werden.
Aktualisiert: 2019-12-12
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Das Problem der Kurvenanpassung

Das Problem der Kurvenanpassung von Paulßen,  Jens
Gibt es ein verlässliches Entscheidungskriterium für die Wahl des Kurventyps bei einer Kurvenanpassung? Lässt sich Ockhams Rasiermesser vermittels dieses Kriteriums rechtfertigen? Existiert für dieses Kriterium eine wissenschaftstheoretische Rechtfertigung? Diese Fragen bilden das Zentrum des Problems der Kurvenanpassung. In dieser Arbeit werden die Lösungsansätze von Turney sowie Forster und Sober analysiert. Dabei werden gewisse Schwächen der Konzepte herausgearbeitet. Der Kern der Arbeit besteht aus der Entwicklung eines alternativen Lösungskonzepts, dessen Verlässlichkeit durch die bereits zuvor zur Analyse der bekannten Konzepte durchgeführten Computersimulationen aufgezeigt wird und das sich darüber hinaus wissenschaftstheoretisch rechtfertigen lässt. Forsters und Sobers Konzept basiert auf dem Akaike Information Criterion (AIC). Das hier entwickelte Konzept basiert hingegen auf dem Bayes Information Criterion (BIC). In dieser Arbeit werden abschließend erneute Computersimulationen durchgeführt, mithilfe derer die Qualität der bislang verwendeten Kriterien (AIC, BIC und Kreuzvalidierung) für den Fall kleiner Datenmengen analysiert werden.
Aktualisiert: 2019-12-19
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Faktorenanalyse oder Rasch-Modell?

Faktorenanalyse oder Rasch-Modell? von Brandstätter,  Eduard
Die Arbeit untersucht am Beispiel des Leistungs-Motivations-Tests Unterschiede zwischen Rasch-Modell und Faktorenanalyse. Obwohl die Skalen nach dem Rasch-Modell konstruiert wurden, eliminierten sowohl Rasch- als auch Faktorenanalysen neuerlich Items. Nach Ausschluß aller nicht modellkonformen Items wurden die reduzierten Skalen erneut einer Rasch- und einer Faktorenanalyse unterzogen. Auch diese Analysen schieden erneut Items aus. Sowohl die Faktorenanalyse als auch das Rasch-Modell führen zu nahezu identischen Item-Selektionen. Beide Verfahren eliminieren wenig trennscharfe Items; die eliminierten Items unterscheiden sich jedoch nicht hinsichtlich Item-Schwierigkeit von den im Text verbliebenen. Schließlich geht die Arbeit auf die Aktualität der Normwerte und auf geschlechtsspezifische Unterschiede ein.
Aktualisiert: 2019-12-19
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